Entada rheedei Spreng. Image by dineshvalke via iNaturalist

3 Juillet 2024

Information générale pour la vérification de la liste d’espèces des légumineuses

Procédurier pour vérifier les noms des légumineuse – merci de contribuer !

Introduction

En tant que chercheurs travaillant sur la famille des légumineuses, nous avons tous besoin d’une liste précise d’espèces pour rassembler des données d’occurrence, des caractères et des traits de manière cohérente et pour valider tout autres types de données sur les légumineuses (phylogénomique, images, etc.). Pour cette raison, en 2020, nous avons lancé un projet visant à mettre à jour la liste des noms de légumineuses par un processus graduel dans le but d’établir une liste validée, à jour et consensuelle, des noms acceptés pour la famille des légumineuses. Les informations que nous recueillons éclaireront nos propres recherches ainsi que celles des autres, par ex. des projets en ligne tels que le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), le Catalogue of Life (CoL) et World Flora Online (WFO). Les corrections que nous apportons sont intégrées au portail Plants of the World Online (POWO) de Kew via leur base de données World Checklist of Vascular Plants (WCVP) en collaboration avec Rafaël Govaerts, et sont synchronisées avec l’International Plant Name Index (IPNI). Le présent document sert à fournir un ensemble d’instructions qui guideront les taxonomistes à contribuer et à faire partie de cette initiative internationale.

Workflow

1. Inscription

Pour vous inscrire, veuillez faire parvenir les informations suivantes au coordonnateur approprié. Voir Tableau 1 :

  • Nom et prénom
  • Département/Faculté
  • Poste occupé
  • Pays
  • Institution (adresse complète)
  • Adresse courriel
  • Groupe(s) de légumineuses d’intérêt

Si plusieurs personnes souhaitent vérifier les noms pour un groupe particulier, le coordonnateur ou la coordonnatrice facilitera la mise en place d’une équipe de travail.

2. Télécharger les données

Télécharger la liste appropriée pour chaque sous-famille, ainsi que les noms sans placement taxonomique, depuis le portail des légumineuses. Lorsque vous aurez cliqué sur le lien ci-bas, vous serez dirigez vers le GitHub du Portail des légumineuses où vous pourrez cliquer sur les trois petits points à droite du nom de fichier pour le télécharger.

3. Vérifier la liste des noms

Puisque certaines composantes de la liste des noms ont déjà été vérifiées, deux processus sont possibles pour les prochaines étapes : a) vérifier les données pour une première fois ou b) mettre à jour les données.
Voici le procédurier pour les deux options et un diagramme illustrant les étapes à suivre.


Figure 1. Diagramme illustrant les étapes à suivre pour vérifier les noms d’espèces.

Lorsque que vous vérifiez les noms, il est important d’utiliser que des données publiées et de suivre le Code internationale de nomenclature pour les algues, les champignons, et les plantes.

3.1 Vérification initiale

  1. Vérifiez toutes les données et notez les corrections dans la colonne “comment”. Ne modifiez pas les autres colonnes.
  2. Pour chaque entrée vérifiée, avec ou sans corrections, ajoutez votre nom complet dans la colonne “verified by” ainsi que la date de vérification dans la colonne “verified on (date)”.
  3. Si un nom n’apparaît pas dans la liste, visitez le portail IPNI, cherchez pour le nom et si le nom n’est pas dans la base de données de IPNI, inscrivez le nom en suivant le lien register.
  4. Il est important de souligner quand de nouvelles combinaisons sont nécessaires dans la liste. Les noms non validement publiés ne peuvent être inclus dans la liste finale. Dans ce cas, il serait important d’indiquer si vous ou une autre personne a l’intention de publier les nouveaux noms.
  5. Si vous connaissez une publication additionnelle qui justifierait les modifications taxonomiques proposées, il est important de l’indiquer dans la colonne “comment”.
    Si vous notez qu’une publication proposant une nouvelle synonymie a été omis, il est suffisant d’indiquer qu’une seule fois la référence à l’article. Il n’est pas nécessaire d’effectuer tous les changements proposés. Les modifications seront ajoutées pas les éditeurs.
  6. Si vous doutez d’un synonyme, vous pouvez vérifier les détails sur POWO pour accéder aux références bibliographiques qui sont généralement dans la section “Publications” ou sur IPNI.
  7. Statuts de catégories de noms pouvant être considérés :
    • Accepté
    • Synonyme
    • Aucun placement
  8. Un plus grand nombre de catégories peut être utilisé, si vous avez les informations, incluant :
    • Hybride artificiel (traité comme nom accepté)
    • Illégitime (SVP, indiquez s’il s’agit d’un homonyme ou superflus) (traité comme synonyme)
    • Invalide (traité comme synonyme)
    • Mésappliqué (sensu auct.) (traité comme synonyme)
    • Variante orthographique (traité comme synonyme)
  9. Soumettez votre liste corrigée au coordonnateur ou à la coordonnatrice (Tableau 1), en metttant en copie à votre courriel Marianne le Roux, Anne Bruneau ou Juliana Rando. Rafaël Govaerts incorporera les modifications dans la base de données de WCVP et contactera les taxonomistes directement si certaines modifications requièrent des clarifications.

3.2 Mise à jour des données

Après qu’une composante particulière de liste ait été vérifiée (indiquée ainsi dans la colonne “checked”), les données nécessiteront des vérifications additionnelles des noms sans placement taxonomique découverts et inclus dans la liste des Fabaceae de la WCVP et sur Rhakhis. Ce dernier est un éditeur en ligne pour la vérification des noms que nous avons intégré comme outil dans notre processus de validation des noms.

Pour les noms sans placement taxonomique qui se trouvent dans le fichier Excel, les corrections devraient être apportées tel qu’indiqué plus haut et soumis au coordonnateur ou à la coordonnatrice responsable. La mise à jour inclut aussi la notification d’une nouvelle synonymie ou de noms ressuscités. Dans ce cas, il est important d’indiquer la référence à la publication.

Pour les noms sans placement taxonomique dans Rhakhis, inscrivez-vous dans la plateforme Rhakhis en utilisant votre identifiant ORCID. Des instructions écrites et des vidéos décrivant comment utiliser Rhakhis sont disponibles ici. Un sandbox est à votre disposition si vous souhaitez pratiquer et vous familiariser avec le système. Les noms sans placement taxonomique, s’il y a lieu, sont répertoriés vers la fin de la page du taxon.

Pourquoi contribuer à cette initiative de vérification des noms des légumineuses ?

La participation à cette initiative est bénéfique, entre autres, pour les raisons suivantes :

  • Devenir un membre actif de l’équipe internationale qui se focalise sur la famille des légumineuses
  • Promouvoir votre recherche à un large auditoire
  • Créer de la synergie en combinant plusieurs projets de recherche
  • Bâtir sur la recherche collaborative d’autres chercheurs
  • Être co-auteur pour votre contribution à la liste
  • Devenir partie prenante de la communauté internationale (TEN, « Taxonomic Expert Network ») pour les légumineuses qui servira aux initiatives internationales telles WFO, CoL et GBIF

Publication de la liste validée

La “WCVP Fabaceae legume checklist” est intégrée à et est disponible sur les plateformes suivantes:

  • Catalogue of Life
  • ChecklistBank
  • Global Biodiversity Information Facility
  • Legume Data Portal
  • Plants of the World Online
  • World Flora Online
  • Zenodo (archive pour toutes les versions publiées)

Personnes ressources Si vous avez des questions, n’hésitez pas à contacter Marianne le Roux, Anne Bruneau et Juliana Rando

Table 1. Détails des coordonnateurs et coordonnatrices pour les sous-familles, tribus, clades ou groupes.